此次排污許可制度改革很重要的一個內容，就是統一排污單位的污染物排放總量的核算原則。按照行業重點污染物許可排放量核算方法和環境質量改善的要求計算許可排放量，并明確許可排放量與總量控制指標和環評批復的排放總量要求之間的銜接關系。并從主要管四項污染物轉向多污染物協同管控，從以污染物濃度管控為主轉向污染物濃度與排污總量雙管控。
為強化落實排污者責任，《管理辦法》規定了企業承諾、自行監測、臺賬記錄、執行報告、信息公開等五項制度。根據部門規章的立法權限，結合火電、造紙行業排污許可制實施中的突出問題，對排污許可證申請、核發、執行、監管全過程的相關規定進行完善，并進一步提高可操作性。在此基礎上，《管理辦法》規定了排污單位無證排污、違證排污、材料弄虛作假、自行監測違法、未公開信息等五種情況的處罰條款。
《管理辦法》明確無論是重點管理還是簡化管理，均由排污單位生產經營場所所在地設區的市級環境保護主管部門核發排污許可證。開展固定污染源清理整頓工作，加快推動排污許可實施，強化對無證排污和不按證排污企業的處罰力度。此外，在技術支持方面，明確環境保護主管部門可通過政府購買服務的方式，組織或者委托技術機構提供排污許可管理的技術支持。
《管理辦法》是排污許可證申請與核發主要依據。作為實施排污許可制度的重要基礎性文件，《管理辦法》明確了排污者責任，強調守法激勵、違法懲戒。為強化落實排污者責任，還規定了企業承諾、自行監測、臺賬記錄、執行報告、信息公開等五項制度。排污許可證對排污口的具體化規定，對依法監管的內容逐一進行了明確和細化，實現了排污單位排污口的“卡片式管理”。
而此次印發的《管理辦法》在結構和思路上與環保部已發布的《排污許可證管理暫行規定》保持一致，內容上進一步細化和強化。結合火電、造紙行業排污許可制實施中的突出問題，對排污許可證申請、核發、執行、監管全過程的相關規定進行完善，并進一步提高可操作性。在《管理辦法》中設計了自行監測、臺賬記錄和執行報告等法律制度，要求排污單位能監控自己的總量排放情況。并要求依證嚴格開展監管執法，加大信息公開力度，還提出排污許可技術支撐體系。
事實上，從“十三五”開始，我國無論是在法律層面還是政策層面均全力推動排污許可制度改革。2016年底，國務院辦公廳印發《關于印發控制污染物排放許可制實施方案的通知》，標志著排污許可制度改革的正式啟動。緊接著，《固定污染源排污許可分類管理名錄(2017年版)》，明確各行業實施時間和適用的技術規范為改革完善排污許可制邁出了堅實的一步。環保部有關負責人表示，下階段將配合上級立法機關加快推動排污許可管理條例的出臺。